De tamaño y decoración modestos, en comparación con otras del país, la iglesia de la Santa Casa de la Misericordia está adosada al trozo Norte de la muralla del castillo. Es una obra de estilo Manuelino del primer cuarto del siglo XVI y se atribuye a la esfera de acción de Diogo de Arruda, arquitecto real y uno de los principales nombres de la arquitectura portuguesa de este período.
La portada, frente a lo que se supone ser la ubicación del Ayuntamiento en el siglo XVI, fue hecha en caliza de la región y consiste en arcada ciega polilobada con decoración de esferas, cuerdas y nudos (elementos decorativos del estilo Manuelino) y rematado por alcachofas estilizadas, al gusto decorativo conocido en los hermanos Arrudas (Diogo y Francisco de Arruda).
Tiene una planta rectangular, de una sola nave con cubierta de bóveda de crucería, capilla mayor, sacristía, coro alto, púlpito y un banco de mampostería que se extiende a lo largo de la fachada Norte, pero ya no tiene la sillería del coro, donde los administradores de la Misericordia (los miembros de mesa y el Proveedor) asistían a las ceremonias religiosas, pieza que en algunas iglesias de la Misericordia alcanzan un gran valor artístico.
La capilla mayor, separada de la iglesia por arco triunfal, es cuadrangular y tiene una bóveda polinervada, forrada con ornamentos fitomórficos cilíndricos, representantes del exotismo del arte portuguesa del estilo Gótico.
El cuerpo de la iglesia y de la capilla mayor fueron cubiertos con azulejos, en patrón policromo, en el siglo XVII, probablemente poco después de una campaña de obras, completada alrededor de 1644, altura en que la iglesia de Nuestra Señora de la Anunciación (Matriz) recibió también revestimiento de azulejos. Curiosamente, los azulejos de la iglesia de la Misericordia tienen un número excesivo de defectos de fabricación, lo que indica que, por ventura, fueron aquí utilizados azulejos rechazados de la aplicación hecha en la iglesia Matriz. Este recubrimiento fue una adición al proyecto original por la belleza decorativa, por la durabilidad y, posiblemente, con la intención de mejorar la salubridad del edificio, ya que los problemas de infiltración y humedad han sido una constante desde el siglo XVI. Esta circunstancia, debida al hecho de que el edificio se hallaba, en parte, debajo del nivel del suelo, hizo con que en 1558 el retablo original ya se hubiese perdido y motivó el intento de, en ese año, se transferir la iglesia para la plaza. Cambio que en 1572 aún no se efectuara, abandonando-se la idea en 1573, proponiendo-se como alternativa que se hiciese la elevación de la "casa" de la Misericordia. Puesto que no hay más información sobre este asunto y la que existe no es, muchas veces, muy clara en su contenido; y como no es conocida con exactitud la configuración de las instalaciones de la Misericordia en ese tiempo, dudamos si las obras de elevación referidas se llevaron a cabo o no en esa época. Con respecto a la iglesia, la cuota de implantación será la original. Con respecto a un posible espacio anexo, donde se llevarían a cabo las reuniones de la Mesa, depende de la realidad a que se refieren los registros documentales cuando se habla de la "casa" de la Misericordia. "Allevantar más arribar" podría significar elevar el nivel del suelo o construir un primer piso. De hecho, sabemos que el edificio de la Misericordia anexo a la iglesia tuvo un piso superior con divisiones, pero que Túlio Espanca refiere dataren-se ya del siglo XVIII, en las cuales la mesa administrativa se reunía y donde se guardaba el archivo, la librería y los cereales recibidos de los alquileres y foros de las propiedades. No sabemos, sin embargo, si entre finales del siglo XVI y el siglo XVIII no existieron otras fases de obras, tras lo que se determinó en 1573.
En la vieja sacristía existe un lavabo de mármol hecho, según Espanca, en 1688 a expensas del Proveedor Dr. Domingos Coelho Reidono.
El púlpito, de base cuadrada en mármol, tiene balaustres de hierro labrado, de acuerdo con Espanca, en la década de 1670 con limosnas dadas por el Arzobispo de Évora, D. Diogo de Sousa.
En las primeras décadas del siglo XVIII se encargó un nuevo retablo para la capilla mayor, lo que hizo sacrificar la pintura mural - que complementaba la campaña decorativa de la aplicación de los azulejos - y obligó a reconfigurar los azulejos de patrón policromo, manteniendo-se los azulejos originales. Este retablo barroco, de talla, con el lienzo de la Visitación de Santa Isabel, nunca llegó a ser dorado.
En la segunda mitad del siglo XIX, para ayudar a diferenciar el espacio destinado a los miembros de la Mesa y al Proveedor de la Misericordia, se removió una parte de los azulejos de la fachada Sur de la iglesia para realizar una pintura mural de patrón geométrico que encuadraba la sillería del coro, entonces existente. Los azulejos retirados fueron, probablemente, transferidos de forma descuidada para el espejo del banco hallado en la fachada Norte.
En data no identificada fueron retirados algunos azulejos del revestimiento del coro alto.
En el pavimento de la nave existen varias tumbas de hermanos de la Misericordia del siglo XVI y posteriores.
Por encima de la iglesia, desde el pórtico hasta la torre occidental, funcionó la vieja sede de la Misericordia, cuyos edificios han desaparecido ya en los años setenta, en primer lugar por la ruina y luego debido a las obras de reconstrucción del castillo.

Protección: Incluido en la zona de protección del Castillo y la Iglesia Matriz.
 

REFERENCIAS
Arquivo da Santa Casa da Misericórdia de Viana do Alentejo, Santa Casa da Misericórdia de Viana do Alentejo, Testamentos, Liv01 (PT/ASCMVNT/SCMVNT/B/06/Liv01-1688)
ESPANCA, Túlio, Inventário Artístico de Portugal: Distrito de Évora: Concelhos de Alandroal, Borba, Mourão, Portel, Redondo, Reguengos de Monsaraz, Viana do Alentejo e Vila Viçosa, Lisboa, Academia Nacional de Belas-Artes, 1978,Tomo IX, Vol. 1.
MANGUCCI, Celso e ZAGALO, Assunção, “Os azulejos da igreja da Misericórdia de Viana do Alentejo: identificação das patologias e proposta de intervenção”, Património Estudos, nº 7, 2004, pp. 146-150.
PAIS, Ana Cristina, “Projecto de recuperação, conservação e valorização do Castelo de Viana do Alentejo”, Património Estudos, nº 7, 2004, pp. 133-137.