El inicio de la construcción de este monasterio, único femenino de la Orden de San Jerónimo existente en Portugal, habrá sucedido al 1 de Agosto de 1554, en el espacio conocido como rocío de las Hortas da Fonte Coberta. El edificio permitió ampliar la comunidad de un monasterio preexistente que se hubiera establecido en las inmediaciones del Poço Novo (situado en el cruce de las actuales calles Miguel Bombarda y António Isidoro de Sousa). Ese monasterio fue fundado por D. Brites Dias Rodovalho.
El primer documento que hace referencia a la determinación de D. Brites en fundar un monasterio es de 30 de Abril de 1548, aunque la intención de construir-lo ya existía, por lo menos, desde 1512. Fue redactado en Lisboa, en las casas donde residía la Infanta D. Isabel, hija de D. Jaime (cuarto duque de Bragança) y mujer del Infante D. Duarte (hijo del rey D. Manuel I), con quién tendría una estrecha relación. La fundadora dijo entonces que era soltera y sin herederos, que deseaba vivir el resto de su vida en religión y que poseía en Viana algunas casas, en la calle del Poço Novo, donde tenía un oratorio con la invocación de Jesús, estableciendo que lo mismo, con las dichas casas, fuese instituido monasterio de monjas. Esas casas procedían de donación hecha por sus padres y, presumiblemente, también de la compra de más algún espacio construido. Para la fundación del monasterio donó, también, todos sus bienes inmuebles, mobiliarios y ganado, derechos y acciones que le perteneciesen, para que se gastasen en su edificación y en todo lo que más se necesitase. Posteriormente se recogió en esas casas con otras mujeres, en particular sobrinas y otras parientes. En esa altura estarían 11 mujeres recogidas.
La licencia para poder levantar altar, y que en él se celebrasen misas, y para levantar la campana fue dada por un decreto del cardenal Infante D. Henrique, arzobispo de Évora, al 21 de Febrero de 1550.
Ya el 15 de Julio de 1553 se celebraba, en Viana, nueva escritura de fundación y donación realizada por Brites da Coluna (nombre por lo cual Brites Dias Rodovalho pasó a ser conocida en religión) y por otras religiosas. Creemos que la fundación de la casa remonta a 1548 y que el documento de 1553 es una confirmación de la intención de D. Brites ya expresada antes, de la fundación del monasterio y la donación de todos sus bienes, siendo ahora esta donación ampliada a las otras mujeres que ahí querían profesar.
Por disposición, expedida el 14 de Julio de 1553 por el Arzobispo de Évora, cardenal Infante D. Henrique, se sabe que las monjas de esta casa religiosa querían vivir de acuerdo con las Constituciones y Estatutos de la Orden de San Jerónimo, pertenecientes a las Reglas de las monjas, que se habían hecho en el Monasterio de la Lupiana del Arzobispado de Toledo. Por lo tanto, el cardenal las aceptó bajo su autoridad de prelado y envía el Fray Luís de Baessa, de la mencionada Orden, que aceptase la obediencia y el sometimiento de  las monjas. Así, el juramento de obediencia a las Constituciones de la Orden y al obispo se hizo sobre los Santos Evangelios, el 21 de Julio de 1553. Seguidamente, el fraile les dio la Regla de San Agustín y las Constituciones de la Orden de San Jerónimo, y las religiosas pudieron profesar. Unas aún en 1553, otras ya en 1554 y luego otras fueron profesando a lo largo de los años siguientes. D. Brites da Coluna fue la cuarta a profesar y se convirtió en la superiora del monasterio.
Sin embargo, el pequeño tamaño de la casa, de la misma invocación del oratorio particular de la fundadora, imposible de ampliar a estar dentro de la urbanización, y, eventualmente, la voluntad de imitar a San Jerónimo en su retiro del mundo, llevó a que D. Brites da Coluna determinase edificar un nuevo monasterio fuera del pueblo. Los monasterios masculinos de la Orden de San Jerónimo se construyeron preferentemente en la costa, fuera de los centros de población, o en lugares solitarios. Pero en el caso del monasterio femenino de Bom Jesus, este se implementó en el interior y, aunque en la periferia de Viana, relativamente cerca del centro del pueblo.
Sin embargo, no habrá sido sencillo lograr este propósito ya que, según parece, los propietarios no querían vender los huertos y terrenos circundantes para poder construir el nuevo monasterio. D. Brites habrá tenido, sin embargo, el apoyo real y los propietarios de los terrenos fueron obligados a abandonar las tierras que D. Brites habrá comprado a un precio mayor que el valor real.
La primera imagen que se puso en la iglesia del nuevo monasterio habrá sido una Nuestra Señora. Para el transitaron las monjas en 1560, ya después de la muerte de Brites da Coluna, en 1555. Y para el nuevo edificio fueron trasladados los huesos de la fundadora, donde se habrán enterrado en el coro bajo, debajo de la columna de mármol que soporta el coro, un acontecimiento que no tiene cualquier prueba documental conocida.
La propia Infanta D. Isabel habrá ofrecido de su oratorio un incensario de plata y un frontal de satén rosa para el nuevo monasterio, piezas que en la primera mitad del siglo XVII existían todavía. En este mismo tiempo, el monasterio estaría aún en construcción, poseyendo gran riqueza debido a las dotes que levaban las religiosas que en él entraban y a los rendimientos que recibía.
En algún momento de los años treinta del siglo XVII (creemos), la comunidad tendría 70 personas, continuando el edificio a sumar más dotes. Túlio Espanca, sin embargo, afirma que la casa estaba prevista para 50 religiosas, pero nunca tuvo más de 44. Según Pinho Leal, ya alrededor de 1882, el monasterio se encontraba muy bien cuidado y la iglesia era magnífica. La misma opinión no comparte Túlio Espanca, que consideró que, a finales del siglo XIX, el edificio ya se hallaría en degradación, teniendo en cuenta el poco aprecio de la propiedad entre 1858 (3.600.000 réis) y 1901 (4.000.000 réis), fechas de los inventarios y evaluaciones ordenadas por el Estado, en el seguimiento del proceso de extinción de las Órdenes Religiosas y de la nacionalización de sus bienes, llevada a cabo después de la implantación del Liberalismo en Portugal, en 1820. Como se trataba de un monasterio femenino, no se cerró compulsivamente, esperando-se la muerte de la última religiosa para se poder hacer su venda en subasta pública. Esto sólo se produjo en 1902 y sólo en ese año su valioso relleno pudo ser subastado a diversos particulares, después de seleccionadas algunas piezas para museos y bibliotecas del país.
Extremadamente saqueado y en un avanzado estado de deterioro, el edificio presenta diferentes fases de construcción, siendo la más antigua formada por la iglesia, los coros (alto y bajo) y el claustro con dos pisos. El dormitorio nuevo y la enfermería se han completado ya en el siglo XVIII. El campanario está en la fachada principal, junto a los coros. Coronado por frontón pinacular, de estilo barroco, está coronado por una veleta de hierro, cuya base puede resultar del reaprovechamiento del remate de la antigua picota del municipio, en el momento de las obras de conservación llevadas a cabo en el siglo XIX. Sin embargo, mientras sufriendo de los terribles efectos de la humedad, algunas pinturas en los techos de algunas salas son todavía visibles, en particular en el comedor.
 

REFERENCIAS    
Biblioteca Pública de Évora, Mosteiro do Bom Jesus de Viana do Alentejo, Lv.1.
Biblioteca Pública de Évora, Mosteiro do Bom Jesus de Viana do Alentejo, Lv.60.
Biblioteca Pública de Évora, Mosteiro do Bom Jesus de Viana do Alentejo, mç 122.
Biblioteca Pública de Évora, Cód. CV/1-26 (“Memórias” do Mosteiro do Bom Jesus de Viana do Alentejo).
BAIÃO, Francisco, O Pelourinho de Viana do Alentejo: propostas para a sua reconstrução, 2003 (catálogo de exposição realizada no posto de turismo de Viana do Alentejo em Setembro de 2003) 
ESPANCA, Túlio, Inventário Artístico de Portugal: Distrito de Évora: Concelhos de Alandroal, Borba, Mourão, Portel, Redondo, Reguengos de Monsaraz, Viana do Alentejo e Vila Viçosa, Lisboa, Academia Nacional de Belas-Artes, 1978,Tomo IX, Vol. 1.
FARRICA, Fátima, No Espaço e no Tempo: Contributos para a História das Instituições de Viana do Alentejo (Séculos XIV-XX), Casal de Cambra, Caleidiscópio, 2015.